JTAG烧写一次FPGA程序无法运行，烧写两次才运行

        使用的FPGA+PHY板子，在FPGA内部将PHY的两个时钟直连，就出现了，一次烧写不运行，烧写两次才能运行的情况。
        应该是时钟直连引起的问题。时钟直连是指：将PHY提供的时钟直接换回给PHY的另一个时钟引脚。
        其他程序没有这种情况，一次成功。
        直连会引起怎样的问题的，一直搞不清其中原因。
        有没有人遇到过类似的问题？希望能交流一下